Em 1975, Naked Snake (também intitulado “Big Boss” ) recebe a missão de infiltrar solo cubano com o objetivo de extrair aliados reféns capturados e interrogados por um grupo militar inimigo.

Snake tem que usar suas táticas operacionais e stealth para entender a verdade por trás dos motivos dos poderosos Patriotas cuja missão é iniciar uma economia mundial de guerra.